Dengan lumpuhnya kekuatan ketenteraan mereka, PKM telah menyerah diri dan menamatkan perjuangan mereka pada tahun 1989. Perjanjian damai dikenali dengan nama Perjanjian Haadyai ditandatangani pada 2 Disember 1989 di antara Kerajaan Malaysia dengan Parti Komunis Malaya. Dengan perjanjian ini, bererti berakhirnya perjuangan Parti Komunis Malaya.

Langkah ini disusuli pula oleh PKKU pada 17 Oktober 1990.